Převážná část Třeboňské pánve, která je oblastí chovu Třeboňského kapra, je chráněna formou chráněné krajinné oblasti. Přestože je krajina Třeboňska už po staletí kultivována člověkem, zachovaly se zde velmi cenné přírodní hodnoty, které jsou chráněné jak na národní, tak i mezinárodní úrovni.
Výjimečnost třeboňské přírody
Příroda Třeboňska vyniká neobvyklou pestrostí biotopů. K nejcennějším patří rozlehlá přechodová rašeliniště, původní meandrující toky řek se zaplavovanými nivami či velmi suché lokality vátých písků. Uměle vytvořená síť rybníků a umělých stok se stala nedílnou součástí třeboňské přírody. Třeboňské rybníky a na ně navazující lokality tvoří cenné mokřadní biotopy s výskytem mnoha vzácných druhů rostlin a živočichů.
Biosférická rezervace a CHKO Třeboňsko
O významu přírodních hodnot Třeboňska svědčí zařazení oblasti do sítě biosférických rezervací UNESCO v rámci programu Člověk a biosféra již v roce 1977. Chráněná krajinná oblast Třeboňsko byla vyhlášena o dva roky později – v roce 1979.
Mokřady mezinárodního významu na území Třeboňska
V CHKO Třeboňsko se nacházejí dvě mokřadní území mezinárodního významu, která jsou chráněná tzv. Ramsarskou konvencí. Jako první bylo v roce 1990 vyhlášeno území Třeboňské rybníky, v roce 1993 se připojilo území Třeboňská rašeliniště. Do mokřadů mezinárodního významu v rámci území Třeboňské rybníky je celkem zahrnuto 159 rybníků společně s přilehlými lokalitami – mokré louky, olšiny, rašeliniště ve výtopách rybníků či rákosiny.
Z mezinárodního hlediska je toto území významné především jako hnízdiště případně tahová zastávka vodního ptactva.
Chráněná území sítě Natura 2000
V rámci soustavy evropských chráněných území Natura 2000 je na území CHKO vymezena ptačí oblast Třeboňsko a 16 evropsky významných lokalit z hlediska výskytu chráněných druhů rostlin a živočichů. K nejvzácnějším druhům Třeboňska patří vydra říční a orel mořský.
Čisté prostředí chovu Třeboňského kapra
CHKO Třeboňsko, která je oblastí chovu Třeboňského kapra, se vyznačuje čistým životním prostředím. Kapr je zde chován v kvalitní čisté vodě chovných rybníků, což je zárukou vysoké kvality a zdravotní nezávadnosti masa z Třeboňského kapra.